提督之子常威垂涎秦小蓮美色，迷奸事敗后殺其夫家十三口，又收買證人，反誣告蓮與家丁私通，蓮屈打成招被判死刑。候補知縣包龍星發現其中蹊蹺，欲為蓮翻案，夜潛現場驗尸，反被誣陷毀尸滅跡。星逃獄后赴京告御狀，中途幾經波折，甚至于妓院偷生求存。適逢皇帝微服私訪八大胡同，星為皇上擺脫窘境而得以翻身，終得三司會審為蓮翻案。
影片評價
1.周星馳有的無厘頭搞笑片只為博得觀眾一笑，并不強調十分嚴謹的邏輯關系，但《九品芝麻官》中搞笑情節的設置卻是充滿精妙的伏筆。
2.故事內容前后呼應，令全片爆笑場面環環相扣，層出不窮。看《九品芝麻官》，觀眾能感受得到導演對故事發展的整體把握能力，而周星馳張馳有度的表演則是這些情節必不可少的潤滑劑
3.《九品芝麻官》拍攝于周星馳電影事業的鼎盛時期，與其后一些星爺刻意“玩深沉”的影片相比，本片更加能夠體現周星馳“無厘頭”電影的功力。
4.充滿了看周星馳電影時，觀眾最原始的需求：欣賞用笑料堆砌的有內涵的電影。
5.包龍星妓院苦練嘴皮功和三司會審，把武打片的模式應用到練“嘴功”的過程中，偷藝、對著大海練功、吹蠟燭、舌戰群雞等，創造出令人目不暇的螃蟹魚蝦等海貨“咸濕”語言的獨特字幕。會審公演之上，星爺用來自民間的市井方式舌戰群官。
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