全自動菌落計數儀器因其計數準確、自動化程度高、可留存樣品信息、使用方便，一般可在數秒內統計出樣品菌落數、性價比高等優點，而受到眾多企業、醫院、科研院所的喜愛，但是由于全自動菌落計數器的科技含量較高，如果選型出現問題，對日后的檢驗、科研工作會帶來很大不便，所以最好的辦法就是在挑選時一定要挑選一臺滿足使用需求的菌落計數器。